अलीगढ़ के सरकारी स्कूल में पढ़ने के बाद, राजा महेंद्र प्रताप अलीगढ़ के मुहम्मदन एंग्लो-ओरिएंटल कॉलेज में चले गए, जो बाद में अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय के रूप में जाना जाने लगा। उत्तर प्रदेश के मुख्यमंत्री योगी आदित्यनाथ ने दो साल बाद कहा कि राजा महेंद्र प्रताप सिंह को अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय (एएमयू) को जमीन दान